Nació el 4 de diciembre de 1928 en Ensenada, Provincia de Buenos Aires, en una familia trabajadora. Vida familiar: Se casó con Humberto Alfredo Bonafini a los 14 años y tuvieron tres hijos: Jorge, Raúl y Alejandra. Llevaba una vida modesta como ama de casa, centrada en su familia y su comunidad.

El 8 de febrero de 1977, su hijo mayor Jorge Omar fue secuestrado y desaparecido, en La Plata y, el 6 de diciembre, ocurrió lo mismo con su otro hijo varón, Raúl Alfredo, en Berazategui. El 25 de mayo de 1978 desapareció también su nuera, María Elena Bugnone Cepeda, esposa de Jorge.

Hebe se unió a otras madres de desaparecidos, iniciando las rondas en la Plaza de Mayo el 30 de abril de 1977, para exigir la aparición con vida de sus hijos. Estas marchas se convirtieron en un símbolo de resistencia pacífica contra la dictadura.

Fue presidenta de la asociación Madres de Plaza de Mayo desde 1979, cuando se destacó por la lucha contra la impunidad de los culpables de delitos de lesa humanidad, así como por reivindicar la vida de los desaparecidos, rindiendo homenaje a sus actos y no solo a su desaparición. Su esposo, Humberto Bonafini, falleció en septiembre de 1982.

Las Madres se separaron en dos agrupaciones desde 1986: Asociación Madres de Plaza de Mayo y Madres de Plaza de Mayo Línea Fundadora. Bonafini continuó presidiendo la primera. La Asociación Madres de Plaza de Mayo es la agrupación mayoritaria, con Madres de todo el país, y su lucha actual no está centrada solo en la persecución judicial de represores de la dictadura, sino en emprendimientos varios.

Entre ellas se encuentran la fundación del Periódico de las Madres, La Voz de las Madres radio, los planes de construcción de viviendas sociales cooperativas, guarderías infantiles, la Universidad de las Madres, entre otros. En 2001, la Librería de las Madres fue saqueada. La Asociación y Hebe acusaron la complicidad oficial, ya que se encuentra cercana al Departamento Central de Policía y al lado de un local con custodio durante las 24 horas.